Você precisa editar seu arquivo .xinitrc que fica no diretório home do seu usuário. Você pode fazer isso digitando esse comando:

echo "exec startfluxbox" > ~/.xinitrc

Algumas pessoas usam mais formalidades e vão preferir escrever algo assim:

#!/bin/sh
exec `which startfluxbox`

Qualquer método que você usar deve funcionar, desde que você tenha o startfluxbox no seu $PATH.