Esta es una pregunta que se hace muy a menudo en #fluxbox. Es muy sencillo.
Se necesita editar el archivo .xinitrc. Puede hacerse con un solo comando ejecutando:
echo "exec startfluxbox" > ~/.xinitrc
algunas personas usan una forma aún más refinada, abriendo un editor de texto y creando un archivo como este:
#!/bin/sh exec `which startfluxbox`
Cualquiera de los métodos usado, siempre que startfluxbox se encuentre en el $PATH hará que funcione de forma correcta.