Откройте ~/.fluxbox/init и найдите следующую строку:
session.screen0.toolbar.tools
и удалите из нее перечисленные элементы
prevworkspace, nextworkspace, prevwindow, nextwindow
Перезагрузите конфиги через меню и стрелки исчезнут.
Панель может содержать следующие элементы, в любом порядке, разделенные запятыми.
workspacename    показывает имя текущего рабочего стола
iconbar      показывает свернутые окна/все окна (в зависимости от настроек), это "панель задач"
systemtray    трей, он и в Африке трей
clock    часы, формат описан в man strftime
prevworkspace  nextworkspace    кнопки для переключения рабочих столов
prevwindow  nextwindow    кнопки для переключения активных окон